A discussão sobre a criação de uma patente europeia foi um dos dossiers mais complexos e controversos discutidos em Bruxelas.
Após vários anos de discussões, a proposta de 2012 apresentava uma iniciativa legislativa composta por dois regulamentos e um acordo internacional, complementares às soluções actualmente disponíveis (nacional, europeia e internacional). A principal dificuldade durante a discussão da proposta foi a recusa de alguns Estados Membros de limitar a patente unitária a três línguas oficiais, o inglês, francês e alemão. A solução encontrada para ultrapassar a recusa de Espanha e Croácia que não subescreveram a decisão do Conselho foi a criação de uma cooperação reforçada dos restantes Estados Membros.
A Patente Unitária terá um efeito de validação automático em todos os Estados-membros Contratantes, evitando a necessidade de uma validação individual e o pagamento de taxas de manutenção em cada país. As patentes serão concedidas pelo Instituto Europeu de Patentes (IEP) e o pedido terá que ser realizado numa das suas línguas oficiais: inglês, francês ou alemão.
Este sistema prevê um período de transição máximo de 12 anos, durante o qual o IEP aperfeiçoará o sistema de tradução automática.
No caso de Espanha e Croácia que não subscreveram a decisão do Conselho continuará a existir a necessidade de recorrer à validação individual da patente europeia ou nacional.
O acordo internacional é a base da criação do Tribunal Unificado de Patentes. O TUP será constituído por um tribunal de primeira instância: com uma divisão central (em Paris, Londres e Munique), divisões locais (cada Estado-membro Contratante) e regionais (por cada dois ou mais Estados-membros Contratantes). Um tribunal de recurso situado no Luxemburgo e o secretariado sedeado junto do tribunal de recurso. As negociações do Brexit já se iniciaram, no entanto, o Reino Unido já declarou que mantém o interesse em fazer parte do acordo internacional que institui o Tribunal de Patentes.
Para que o acordo internacional que cria o Tribunal entre em vigor, é necessário que o acordo seja ratificado por pelo menos 13 Estados-membros. O processo de ratificação ainda está a decorrer, Portugal ratificou o acordo em 2015, sendo que a Espanha e a Polónia já demonstraram que não possuem a intenção de vir a fazê-lo.
Para a implementação do TUP está previsto um período de transição de 7 anos, o qual poderá ser prolongado por um período máximo de 7 anos adicionais.